Les dépôts des archives départementales sont organisés suivant une cote qui est la même dans toute la France. Des sous-séries propres à chaque dépôt viennent compléter ces classements selon leur contenu.

Il existe trois parties distinctes, les archives anciennes, antérieures à la révolution (de A à K), les archives révolutionnaires et les archives modernes (de M à Z).

Les fonds sont classés selon les lettres de l’alphabet.

Série A : actes du pouvoir souverain.
Série B : cours et juridictions.
Série C : administrations provinciales.
Série D : instruction publique, sciences et arts.
Série E : féodalité, communautés d’habitants, familles, état civil (registres paroissiaux avant la révolution et état civil après la révolution), notaires, corporations.
Série F : fonds civils antérieurs à la révolution.
Série G : clergé séculier.
Série H : clergé régulier.
Série I : fonds divers se rattachant aux archives ecclésiastiques.
Série J : documents entrés par voie extraordinaire, antérieurs et postérieurs à la révolution.
Série K : lois, ordonnances et arrêtés.
Série L : administration révolutionnaire.
Série M : administration générale.
Série N : administration et comptabilité départementales.
Série O : administration et comptabilité communales.
Série P : finances.
Série Q : domaines et enregistrement.
Série R : guerres et affaires militaires.
Série S : travaux publics.
Série T : instruction publique, sciences et arts.
Série U : justice.
Série V : cultes.
Série X : établissements de bienfaisance.
Série Y : établissements de répression.
Série Z : affaires diverses.